Przedni koniec jelita przedniego ulega spłaszczeniu (na przekroju poprzecznym ma kształt płaskoowalny) i rozwija się w gardziel. W okolicy gardzieli z endodermy powstaje po obu stronach pięć par kieszeni gardzielowych, przy czym podobne kieszenie wytwarza przez wpuklenie sąsiadująca ektoderma; wypustki te rosną i w końcu spotykają się z sobą. U niższych kręgowców, jak np. ryby, kieszenie te zrastają się i otwierają tworząc szczeliny skrzelowe, łączące gardziel ze środowiskiem zewnętrznym i funkcjonujące jako narząd oddechowy. U wyższych kręgowców i człowieka szczeliny te zwykle nie powstają, przy czym kieszonki skrzelowe występujące w okresie zarodkowym są nieczynnymi narządami szczątkowymi, które mogą przekształcić się w inne struktury lub też zaniknąć. Na przykład z pierwszej kieszonki powstają jama ucha środkowego i trąbka Eustachiusza, z drugiej — migdałki, a z trzeciej i czwartej — grasica i przytarczyce. Piąta para kieszonek jest szczątkowa i zanika. Tarczyca rozwija się z wyrostka powstałego z dna gardzieli. Jama ustna powstaje jako płytkie zagłębienie ektodermy wrastające w kierunku przedniego końca jelita przedniego; oddzielająca je błona wkrótce pęka i zanika w piątym tygodniu rozwoju. W podobny sposób tworzy się odbyt; płytka kieszonka ektodermalna rośnie w kierunku jelita tylnego i spotyka się z nim; wtedy błona oddzielająca te struktury pęka i zanika w trzecim miesiącu.